Токио был захвачен Му, пришельцами, покорившими всю планету. Однако благодаря странному течению времени никто из горожан не знает, что они были завоеваны. За пределами Токио остатки человеческой расы ведут безнадежную войну с Му. Они знают только, что ключ к победе в оккупированном городе. Но никто из повстанцев не мог проникнуть в Токио, пока спасающийся от атаки молодой токиец Аято Камина не вырывается (совершенно случайно) за пределы города. Перед Аято раскрывается совсем другой мир, ему придется забыть все, что он знал о реальности и узнать правду о войне и Раксефоне - оружии, которое может контролировать только он.